Con la llegada de Duterte al poder, los principales problemas los esperan los Estados Unidos. El nuevo presidente tiene la intención de revisar los acuerdos firmados en 2014 sobre las tropas extranjeras y los acuerdos ampliados sobre cooperación bilateral en la defensa, que dan el derecho a los Estados Unidos de construir nuevas bases en Filipinas, aumentan la duración de la estancia de sus tropas y retiran de la jurisdicción de los tribunales filipinos a las tropas estadounidenses, en caso de cometer un crimen en Filipinas. Debido a Duterte, los estadounidenses podrían perder un importante punto de referencia en el Océano Pacífico.
Otra de las razones para la preocupación de los Estados Unidos, es el deseo de Duterte de mejorar las relaciones con China. Bajo el anterior presidente pro-americano, Benigno Aquino, el pais apoyó a los Estados Unidos en el conflicto en el Mar del Sur de China y, debido a ello, se deterioraron las relaciones entre Filipinas y China. Rodrigo Duterte tiene la intención de resolver las disputas con China a través de negociaciones, o incluso olvidarse de sus propias reclamaciones sobre parte de la zona a cambio de la inversión china. Por lo tanto, los Estados Unidos tienen el riesgo de perder un aliado clave en el Pacífico occidental, lo que alteraría significativamente el equilibrio global de fuerzas a favor de China.
Duterte ya ha prometido un lugar en el nuevo gobierno de Filipinas a los representantes del Partido Comunista de Filipinas, que desde los años 60 del siglo pasado cuenta con una guerrilla armada en la selva filipina. Duterte reanudó también el proceso de negociaciones con los rebeldes. Los comunistas son abruptamente anti-estadounidenses, y si ellos pasan al poder, entonces podrán fortalecer aún más la posición soberanista del presidente.
